RNase: paragonandoti alla neve in un giorno d'inverno

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Riproducibilità, sostenibilità e risorse sono attualmente in cima all'agenda e più importanti che mai per gli scienziati di laboratorio. Potrebbero ora esserci alcune soluzioni a queste preoccupazioni per chi lavora con l'RNA?

Utilizzando numerose serie di piastre a 96 pozzetti collocate in vari luoghi e lasciate nel corso di una giornata, il team ha osservato che alcuni pozzetti sarebbero stati completamente privi di contaminazione da RNase, e alcuni sarebbero stati completamente contaminati. Hanno concluso che era completamente sporadico, senza alcuna dipendenza.

"Ci aspettavamo che fosse come l'accumulo di neve in un giorno d'inverno - costante e duraturo. Ma invece può essere improvviso, inaspettato e catastrofico. Non è facilmente definibile. Potresti non avere alcuna contaminazione per un'ora dopo aver lasciato l'attrezzatura fuori, o potrebbe essere contaminata nel momento in cui apri una confezione sterile", ha spiegato Theresa Thompson, scienziato applicativo alla Phoseon Technology.

Si può quindi facilmente concludere come la contaminazione da RNasi porterebbe ad un aumento degli sprechi, del tempo perso e dei problemi di riproducibilità. Tutti e tre questi problemi sono incredibilmente attuali se si considerano la società, la politica e la sostenibilità.

Lavorare con i tamponi Tris

In qualsiasi percorso di ricerca sull'RNA, se c'è una degradazione del campione, i risultati possono essere incoerenti, imprecisi e difficili da ottenere. Sebbene la RNasi sia incredibilmente resistente all'inattivazione, i percorsi abituali di decontaminazione della RNasi includono il trattamento con DEPC durante la notte e l'autoclavaggio, che è incredibilmente dispendioso in termini di tempo.

Molti esperimenti vengono eseguiti in tamponi Tris. Questi tamponi non possono essere sottoposti agli stessi metodi di decontaminazione, poiché il DEPC attacca i gruppi amminici del Tris, limitando la sua capacità tampone e distruggendosi nel processo, lasciandolo così incapace di inattivare qualsiasi RNasi contaminante.

Phoseon Technology ha scoperto che una lunghezza d'onda UV di 280 nm può colpire la RNasi A, lasciandola irreversibilmente inattiva, senza alcuna deriva sul pH o sulla capacità tampone dei tamponi Tris. Phoseon ha poi incorporato questa scoperta nella propria piattaforma tecnologica innovativa, KeyPro™, formata da luci a LED ad alta intensità che possono raggiungere intensità che non sono state raggiunte con altre fonti di luce.

Il KeyPro KP100

Immediatamente prima di eseguire qualsiasi esperimento, la piattaforma viene accesa, e in meno di 5 minuti, tutte le attrezzature, compresi i tamponi Tris sono completamente decontaminati dalla RNasi. I modi in cui questa piattaforma può beneficiare i ricercatori, possono essere disegnati in un quadro molto più grande dei problemi chiave per gli scienziati in questo momento.

Riproducibilità

La crisi della riproducibilità è una crisi attuale e in corso nelle scienze della vita, in cui molti metodi sperimentali non possono essere riprodotti. La riproducibilità degli esperimenti è una parte essenziale del metodo scientifico, poiché le ricerche e le ipotesi successive si basano sul presupposto giusto ma falso che questi pezzi di ricerca non riproducibili possano essere riprodotti.

Come sappiamo ora, la contaminazione da RNasi è casuale. Mentre alcuni pozzetti in una piastra a 96 pozzetti potrebbero essere completamente privi di RNasi, alcuni potrebbero anche essere completamente contaminati.

"La piattaforma è diversa da un'autoclave: è un sistema di illuminazione a stato solido, con una calibrazione che assicura sempre la stessa quantità di luce. Anche se i diodi stessi invecchiano e un singolo diodo ha meno output, il sistema lo compensa ogni volta che viene eseguito. Lo stesso protocollo che si esegue oggi vi darà la stessa uscita tra 5 anni", ha commentato Jay Pasquantonio, Senior Product Manager di Phoseon Technology.

La luce assicura la stessa decontaminazione in tutti i 96 pozzetti della piastra, quindi non c'è bisogno di preoccuparsi di risultati variabili basati sulla presenza di RNase in particolari pozzetti. La sfiducia del pubblico negli scienziati è ai massimi storici, con la crisi della riproducibilità che invalida le teorie e le fake news dilaganti. Pertanto, qualsiasi rassicurazione di riproducibilità porterà conforto.

Risorse

Il finanziamento della ricerca scientifica è attualmente motivo di preoccupazione per molte scuole, college e università. Ambienti politici instabili hanno portato al taglio dei costi e a una pianificazione più attenta dei fondi. L'acquisto di tamponi Tris senza RNase è costoso, oltre ad essere potenzialmente dispendioso e insostenibile.

Anche il tempo come risorsa sta diventando sempre più teso. Con le persone che lavorano più ore per ottenere risultati, il tempo è davvero essenziale. KeyPro impiega meno di 5 minuti per decontaminare i tamponi Tris dalla RNasi e prepararli all'uso. L'esperimento può essere eseguito subito dopo. Questo fa risparmiare una quantità enorme di tempo rispetto ai metodi tradizionali di decontaminazione.

Una dimostrazione del tempo che si può risparmiare usando KeyPro rispetto ai metodi di contaminazione tradizionali.

Inoltre, una volta che si verifica la contaminazione da RNase, che potrebbe essere appena l'esposizione all'aria, l'esperimento dovrà essere ignorato e il processo di decontaminazione dovrà essere completato di nuovo, il che significa che i ricercatori potrebbero ritrovarsi a perdere enormi periodi di tempo inutilmente.

Sostenibilità

Non solo l'uso del sistema KeyPro ha il potenziale di limitare i rifiuti plastici monouso, ma può anche limitare i volumi di rifiuti di reagenti, tamponi e prodotti, che possono essere anche piuttosto costosi. Se i tamponi vengono decontaminati immediatamente prima dell'uso, piccoli volumi vengono prelevati e utilizzati immediatamente, quindi i livelli di rifiuti possono essere mantenuti bassi, poiché non c'è bisogno di smaltire le soluzioni potenzialmente contaminate e non ci sono eccessi inutili.

Per concludere, KeyPro affronta questioni che stanno a cuore agli scienziati della vita e che si combinano per rendere la vita un po' più facile. Che si tratti di risparmiare tempo sulla decontaminazione che può essere speso meglio con la famiglia o gli amici, di risparmiare denaro che può essere speso meglio per altre risorse chiave, o di limitare la quantità di rifiuti prodotti dalla ricerca di un individuo, e contribuire a garantire un futuro più sostenibile.

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