La RNase : une comparaison avec la neige d'un jour d'hiver

Comparaison de la RNase

La reproductibilité, la durabilité et les ressources sont toutes des priorités actuelles et sont plus importantes que jamais pour les scientifiques de laboratoire. Existe-t-il aujourd'hui des solutions à ces préoccupations pour ceux qui travaillent avec l'ARN ?

En utilisant de nombreux ensembles de plaques à 96 puits placés à divers endroits et laissés en place pendant une journée, l'équipe a observé que certains puits étaient complètement exempts de contamination par la RNase, et que d'autres étaient complètement contaminés. Ils en ont conclu qu'il s'agissait d'un phénomène totalement sporadique, sans aucune dépendance.

"Nous nous attendions à ce qu'elle soit comme l'accumulation de neige un jour d'hiver - régulière et constante. Mais au contraire, elle peut être soudaine, inattendue et catastrophique. Il n'est pas facile à définir. Il peut n'y avoir aucune contamination pendant une heure après avoir laissé l'équipement à l'extérieur, ou il peut être contaminé au moment où vous ouvrez un emballage stérile", explique Theresa Thompson, scientifique d'application chez Phoseon Technology.

On peut donc facilement conclure que la contamination par la RNase entraînerait une augmentation des déchets, une perte de temps et des problèmes de reproductibilité. Ces trois problèmes sont d'une actualité brûlante si l'on considère la société, la politique et la durabilité.

Travailler avec des tampons Tris

Dans toute voie de recherche sur l'ARN, s'il y a une quelconque dégradation de l'échantillon, les résultats peuvent être incohérents, imprécis et difficiles à obtenir. Bien que la RNase soit incroyablement résistante à l'inactivation, les méthodes habituelles de décontamination de la RNase comprennent le traitement au DEPC pendant la nuit et l'autoclavage, ce qui prend énormément de temps.

De nombreuses expériences sont réalisées dans des tampons Tris. Ces tampons ne peuvent pas être soumis aux mêmes méthodes de décontamination, car le DEPC attaque les groupes amino du Tris, limitant son pouvoir tampon et se détruisant lui-même au cours du processus, le rendant ainsi incapable d'inactiver toute RNase contaminante.

Phoseon Technology a découvert qu'une longueur d'onde UV de 280 nm pouvait cibler la RNase A, la laissant irréversiblement inactivée, sans dérive sur le pH ou le pouvoir tampon des tampons Tris. Phoseon a depuis incorporé cette découverte dans sa propre plateforme technologique, KeyPro™, formée de lumières à base de LED de haute intensité qui peuvent atteindre des intensités qui n'ont pas été atteintes avec d'autres sources de lumière.

Le KeyPro KP100

Immédiatement avant de réaliser une expérience, la plateforme est mise en marche et, en moins de 5 minutes, tout l'équipement, y compris les tampons Tris, est complètement décontaminé de la RNase. Les avantages que cette plate-forme peut apporter aux chercheurs peuvent être intégrés dans une image beaucoup plus large des principaux problèmes auxquels sont confrontés les scientifiques à l'heure actuelle.

Reproductibilité

La crise de la reproductibilité est une crise actuelle et permanente dans les sciences de la vie, dans laquelle de nombreuses méthodes expérimentales ne peuvent être reproduites. La reproductibilité des expériences est un élément essentiel de la méthode scientifique, car les recherches et les hypothèses ultérieures reposent sur l'hypothèse, juste mais fausse, que ces travaux de recherche non reproductibles peuvent être reproduits.

Comme nous le savons maintenant, la contamination par la RNase est aléatoire. Si certains puits d'une plaque de 96 puits peuvent être totalement exempts de RNase, d'autres peuvent également être totalement contaminés.

"La plate-forme est différente d'un autoclave : il s'agit d'un système d'éclairage à semi-conducteurs, avec un calibrage qui garantit que la même quantité de lumière est toujours délivrée. Même si les diodes elles-mêmes vieillissent et qu'une diode individuelle a un rendement moindre, le système compense cela à chaque fois qu'il est exécuté. Le même protocole que vous exécutez aujourd'hui vous donnera le même rendement dans 5 ans", a commenté Jay Pasquantonio, chef de produit senior chez Phoseon Technology.

La lumière assure la même décontamination dans les 96 puits de la plaque, de sorte qu'il n'est pas nécessaire de s'inquiéter de résultats variables en fonction de la présence de RNase dans certains puits. La méfiance du public à l'égard des scientifiques n'a jamais été aussi grande, la crise de la reproductibilité invalidant les théories et les fake news étant monnaie courante. C'est pourquoi toute garantie de reproductibilité est source de réconfort.

Ressources

Le financement de la recherche scientifique est actuellement une source de préoccupation pour de nombreuses écoles, collèges et universités. Les environnements politiques instables ont conduit à une réduction des coûts et à une planification plus prudente des fonds. L'achat de tampons Tris exempts de RNase est coûteux, mais aussi potentiellement gaspilleur et non durable.

Le temps en tant que ressource est également de plus en plus sollicité. Les gens travaillant plus d'heures pour obtenir des résultats, le temps est vraiment essentiel. KeyPro prend moins de 5 minutes pour décontaminer les tampons Tris de la RNase et les préparer à l'utilisation. L'expérience peut être réalisée immédiatement après. Cela permet de gagner énormément de temps par rapport aux méthodes traditionnelles de décontamination.

Une démonstration du temps qui peut être gagné en utilisant KeyPro par rapport aux méthodes de contamination traditionnelles.

En outre, dès que la contamination par la RNase se produit, ce qui peut se produire dès l'exposition à l'air, l'expérience doit être abandonnée et le processus de décontamination doit être recommencé, ce qui signifie que les chercheurs peuvent perdre inutilement beaucoup de temps.

Durabilité

Non seulement l'utilisation du système KeyPro a le potentiel de limiter les déchets plastiques à usage unique, mais elle peut également limiter les volumes de déchets de réactifs, de tampons et de produits, qui peuvent également être assez coûteux. Si les tampons sont décontaminés immédiatement avant leur utilisation, de petits volumes sont prélevés et utilisés immédiatement, ce qui permet de maintenir les niveaux de déchets à un faible niveau, car il n'est pas nécessaire d'éliminer les solutions potentiellement contaminées et il n'y a pas d'excès inutile.

En conclusion, la KeyPro s'attaque à des problèmes qui tiennent à cœur aux scientifiques du vivant, et qui se combinent pour rendre la vie un peu plus facile. Qu'il s'agisse de gagner du temps sur la décontamination, qui peut être mieux utilisé avec la famille ou les amis, d'économiser de l'argent qui peut être mieux utilisé pour d'autres ressources clés, ou de limiter la quantité de déchets produits par la recherche d'un individu, et de contribuer à assurer un avenir plus durable.

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